In der Geschäftsstelle der Hanns-Lilje-Stiftung entstehen unvermeidbare Emissionen aus Strom- und Wärmeenergieverbrauch, Mobilität, Papierverbrauch und Websitebetrieb. Die Hanns-Lilje-Stiftung leistet dafür einen Klimaschutzbeitrag zur CO2 Kompensation bei der „Klima-Kollekte“, dem kirchlichen CO2-Kompensationfonds. Mit den Ausgleichszahlungen finanziert die „Klima-Kollekte“ emissionsmindernde Projekte, die zugleich auch einen Beitrag zur Armutsreduzierung leisten sollen. Die Projekte werden von kirchlichen Organisationen oder deren Partnerorganisationen in Entwicklungsländern durchgeführt.