Die Hanns-Lilje-Stiftung fördert den Dialog von Kirche und Theologie mit Wissenschaft, Technik, Wirtschaft, Kunst und Politik. Besonderes Interesse finden multidisziplinär und kooperativ angelegte Vorhaben, die den Dialog zwischen Evangelium und Moderne im Blick haben.
Die Projekte sollen in der Regel einen Bezug zur Evangelisch-lutherischen Landeskirche Hannovers haben. Besonders liegt der Stiftung daran, Vorhaben und Ideen zu unterstützen, die von kirchlichen Einrichtungen nicht ausreichend berücksichtigt werden.
Die Stiftung versucht, aktuelle Entwicklungen im Dialog zwischen Kirche und Theologie mit anderen gesellschaftlichen Bereichen aufzugreifen und zu fördern, z.B. die Auseinandersetzung mit zeitgenössischer Kunst.
Die Stiftung ist frei, nach eigener Gewichtung zu fördern, was sie für wichtig und wen sie für geeignet hält.