Die Hanns-Lilje-Stiftung fördert auf vielfältige Weise.
- Sie realisiert eigene Projekte, z. B. das Hanns-Lilje-Forum, das sich aktuellen Themen der Zeit stellt.
- Die Hanns-Lilje-Stiftung ergreift die Initiative und regt Projekte an, die in Zusammenarbeit mit anderen Trägern verwirklicht werden. Eines davon ist der Landeswettbewerb Evangelische Religion, der sich an Schüler/innen richtet und in Zusammenarbeit mit dem Religionspädagogischen Institut Loccum durchgeführt wird.
- Die Hanns-Lilje-Stiftung fördert darüber hinaus Projekte Dritter, die dem Stiftungszweck entsprechen und von unterschiedlichsten Institutionen und Personen organisiert, verantwortet und durchgeführt werden.